显然，沃特林在南京生活得非常愉快。回到伊利诺伊州的家乡探亲时，她不断地谈起中国——它的文化、它的人民和它的历史。她送给家人一些蚕茧，还教他们如何烹调和品尝中国食品。她在日记中不断地赞美南京城秀丽的风光。作为一位食心的花匠，在金陵女子文理学院的校园里，她培育大量的玫瑰花和菊花，还到中山公园去参观那里的花房，并在明孝陵附近弥漫着李子材和桃树花香的小径上漫步。
1937年夏夭，沃特林与朋友们在海滨避署胜地青岛度假时，听说有一个日本士兵在北京以南几里处失踪了。这一事件引发了中日之间的冲突，双方在那里进行了几次战斗。她的一个朋友因此而优心仲忡地谈起1914年萨拉热窝只有两个人被暗杀却最终导致了1100多万人死于战争。
沃特林仍拒绝与其他美国人一道撤离南京，于是美国大使馆借给她一面崭新的9英尺的美国国旗，铺在金陵女子文理学院绿草如荫的西方院子的中央，以确保校园免遭日本飞机的轰炸。使馆工作人员还给她和其他国际委员会成员们提供了用长长的绳索结成的梯子，告诉他们，一旦“帕奈”号载着美国大使馆官员撤离南京，中国军队关闭所有城门之后，他们逃走的唯一希望就寄托在借助绳梯翻越城墙了。
但是沃特林根本没有时间去考虑逃跑。大多数教员离开南京（许多人放弃了他们的家园逃往上海、成都和四川〔其他地方〕等地），沃特林成了学院的代理院长。她辛勤地工作着，把女难民安顿在校园里，帮助伤兵们撤离该地区。为了掩护这些中国士兵的真实身份，她在学院的焚化炉里烧毁了他们的军人证件和军服。在她的指挥下，家具都搬进了顶楼，仓库被腾空，宿舍打扫得干干净净，贵重物品用油布包好藏了起来。与此同时，又把南京安区专用的海报、招牌和袖章分发给每一个志愿者。有人委托沃特林缝制一面27英尺长的美国国旗，但是那个中国裁缝无意中犯了个错误，没有把饰有星星的蓝色的那块放在上边，相反却误将其放在了左下角。
到12月的第二个星期，金陵学院打开大门接纳妇女们和孩子们。成千上万的人涌了进来。难民们以每天1，000人的速度经过南京。他们中的许多人精疲力尽，神智恍惚，饥肠辘辘，走进安区难民营时身上只剩下衣服了。“除了吃午饭时，今天从早晨8点30分到晚上6点，当难民往里涌时，我一直站在门口，”她接着写道，“许多妇女的睑上充满了恐惧——昨晚是南京城可怕的一夜，许多年轻的妇女被日本兵从她们的家中强行带走。”
沃特林允许年轻妇女和孩子们随便进入校园，但恳求年长一些的妇女呆在家里以便给年轻些的女子留出地方。没有人听从她的劝告，许多人只求能在草地上有一块刚够坐的地方就行到12月15日晚上，金陵学院难民营的人数已经达到3万多人。
第二天日军士兵冲击了该学院。12月16日上午10点钟100多名日本兵闯入校园到处搜查隐藏着的中国兵。他们命令打开每一扇门，如果有一把钥匙没有马上拿来，日本兵便站到一旁准备用斧子把门强行劈开。一想到日本人会发现藏在楼上地理系办公室里的几百件棉军服，沃特林的心立刻沉了下来，但庆幸的是，那间挤清了200名中国妇女和孩子的顶楼转移了日本兵的视线。（沃特林后来将军服部埋藏起来以免被日军发现。）
那天日本人两次要抓走校园里的雇工。如果不是沃特林大叫着“他们不是士兵——是苦力”把他们救下来，肯定他们必死无疑。到后来沃特林才知道，日本人至少在校园里安置了六挺机关枪，外边还有更多的士兵把守着，随时准备射击任何企图逃跑的人。
那个晚上，沃特林在街上看到妇女们绝望地哀叫着，被日本兵用车拉走了。一辆装载了8-10名女孩的卡车从身旁驶过时，她听到女孩们尖叫着“救命！救命！”
第二天，即1937年12月17日，情况变得更糟了。日本兵大量涌入南京后，成群的越来越多的妇女躲进了金陵学院。“那情景实在太令人惊心动魄了！”沃特林写道，“疲劳的妇女，受惊的女孩子，她们带着孩子、被褥和小包衣服，步履蹒跚地走着。”她想，如果有人能有时间把每一位难民的经历记录下来该有多好——尤其是那些涂黑面庞，剪掉头发的女孩子的经历。当她在安置这群“样子凶暴的妇女”时，听说日本人强奸的女人年幼者仅12岁，年长者达60岁，他们甚至用刺刀强逼着怀了孕的妇女就范。沃特林整夭时间都为难民们寻找食物而苦恼，要求一部分中国男子到安区其他的难民营中，还要跑去查看校园里被日本兵搜查过的地方。
那天晚上等待沃特林的冲突是她事先毫无准备的。两个日本兵正使劲地拉中央大楼的门，他们命令沃特林立刻把门打开，可她坚持说自己没有钥匙而且里面根本没有中国兵，一个日本兵打了她一记耳光后，还顺手打了她旁边的一个中国男子。随后她看见两个日本兵从学院里带走了3名被捆绑着的雇工。她跟着他们到了前门，日本人强迫一大群中国
人跑在马路边上。日本人要求与院长说话，当得知沃特林便是时，他们命令她辨认每一个跪在地上的人。有个男子想帮助沃特林，替她求情，因此竟被狠狠地抽了个耳光。
在这次痛苦的经历中，国际委员会有3位成员被揪了出来，他们是：基督教青年会秘书乔治·菲奇；金陵大学社会学教授刘易斯·斯迈思和长老会传教士w·普卢默·米尔斯。日本人强迫他们3个站成一排并搜去他们的手枪。突然，传来一阵尖叫和哭喊声，他们看见日本人正在把妇女们从旁门拽出去。到了这时，沃特林才意识到，整个审问不过是一个阴谋，他们把外国人困在前门而其他日本人则在校园里搜寻妇女以供其发泄兽欲。“我永远都不会忘记那种场景，”她满怀愤怒与无助地写道，“人们跑在马路边，玛丽·特森夫人和我则站着，耳边是干枯树叶发出的沙沙声，凄风的呻吟声以及被拖出去的妇女们的哭喊声。”
以后的几个月里，沃特林时常发现自己竟是金陵学院难民营唯一的保护者，日本兵不断地骚扰难民，他们将男人围起来枪杀，或将妇女充作军妓。有时候他们的招募方法简直厚颜无耻。至少有一次日本兵开来一辆卡车要拉女孩子。不过大多数时候绑架妇女以供强奸之用是在暗地里进行的。夜里日本兵翻过竹子栅栏、撞开旁门或后门摸着黑随便抓女人——这种行动就像“抽奖”，开始被老百姓众所周知。
1938年新年那天，沃特林救下一名被日本兵拉进图书馆北面竹林中的少女。有好几次她的英雄行为差点要了她的命。许多日本兵对她“凶狠而无理”，还挥舞着被鲜血染红的刺刀。沃特林写道：“有些情况下他们对我充满挑衅并且怒目相视。”有一回，当她试图阻止日本兵抢劫时，其中的一个士兵竟拿枪瞄准了她。
在与日本人斡旋时，沃特林有时也犯错误。正如拉贝与国际委员会其他成员被日本人欺骗而交出些男人被他们处死一样，沃特林也曾被诱编将无辜的妇女交到了日本兵手中。12月24日，沃特林被召到她的办公室去见一位日本高级军官及一名年老的翻译。他们与她商量日本军队需要妓女的事。“他们要求准许从我们的1万名难民中挑出妓女，”沃特林后来在日记中记录了这次会面。“他们说需要100名。他们认为，如果他们能为士兵开一家正规的特许的妓院，那么这些士兵就不会再去骚扰无辜和正派的妇女了。”
奇怪的是，沃特林答应了他们的请求。或许她别无选择，或者也许她真的相信日本人的话。一旦日本人为其士兵设立了妓院，他们便会停止骚扰难民营中的未婚女子和正派的己婚妇女了。无论这一决定的背后隐藏着什么原因，可以确定的一种设想是，沃特林是迫于压力而作出这一决定的。当日本人找寻妓女时她在一旁等候着，过了很长一段时间后，他们终于挑到21名妇女。沃特林没有说起日本人如何能分辩出这些妇女是妓女，但她的确提到，日本人对这一结果并不满意，因为他们确信有更多的妓女藏在安区的某个地方。“一群接着一群的女孩子问我，日本人是否要从正派的女孩子中挑出另外的79人——而我所能回答的仅仅是，只要我有能力阻止的话，他们不会这样做的。
南京城陷落一周后，日本人开始有计划地管理安区的活动。日军宪兵司令发表了一份公告，从12月24日起生效，命令体市民要从日军发证办公室领取身份证（也叫“良民证”）。禁止任何人替他人代办身份证，禁止没有身份证的人居住在南京城墙以内。日军在街道上张贴告示，通知市民去登记，否则便面临被处决的危险。
12月28日，登记男人的工作开始进行。他们在金陵学院排成四行，领到表格后，便走到位于校园东北角的一幢房子内，在日本人这里登记他们的姓名、年龄以及职业。沃特林注意到，来登记的男人主要是老人或残疾人，因为大多数年轻男子已逃离了南京或是已经被杀掉了。在登记的那些人当中，更多的人被认为从前当过兵而被拉了出来，剩下老人和妇女们跑在安区领导人面前哭泣，乞求他们为释放他们儿子或丈夫作保。